I. Các tổ chức, chuyên môn nghiệp vụ thuộc Sở:
1- Văn phòng Sở;
2- Thanh tra Sở;
3- Phòng Tổ chức cán bộ;
4- Phòng Trồng trọt- Chăn nuôi;
5- Phòng Kế hoạch - Tài chính;
6- Phòng Quản lý xây dựng công trình.
II. Chi cục thuộc Sở:  
1- Chi cục Bảo vệ thực vật;
2- Chi cục Thú y;
3- Chi cục Kiểm lâm;
4- Chi cục Lâm nghiệp;
5- Chi cục Khai thác và Bảo vệ nguồn lợi thuỷ sản;  
6- Chi cục Nuôi trồng Thuỷ sản;
7- Chi cục Thuỷ lợi và Phòng, chống lụt, bão;
8- Chi cục Phát triển nông thôn.  
9.- Chi cục Quản lý chất lượng nông lâm sản và thuỷ sản.
III. Các Đơn vị sự nghiệp:
1- Trung tâm Khuyến nông - lâm - ngư
2- Trung tâm Quy hoạch và Thiết kế Nông lâm nghiệp.
3- Trung tâm Giống Thuỷ sản Thừa Thiên Huế
4- Ban Đầu tư và Xây dựng Nông nghiệp và phát triển nông thôn.
5- Ban Quản lý Rừng phòng hộ Sông Bồ.
6- Ban Quản lý Rừng phòng hộ Sông Hương.
7- Ban Quản lý Rừng phòng hộ Nam Đông
8- Ban Quản lý Rừng phòng hộ A Lưới
9- Ban Quản lý Rừng phòng hộ Hương Thuỷ
10- Ban Quản lý Rừng phòng hộ Bắc Hải Vân
11- Cảng cá Thừa Thiên Huế.
12- Ban Quản lý Khu bảo tồn thiên nhiên Phong Điền
13- Ban Quản lý Khu bảo tồn Sao La