Theo đó, mục tiêu của Đề án là nâng cao năng lực ngành Thú y về cơ sở vật chất, trang thiết bị, tổ chức và năng lực quản lý nhà nước, đáp ứng công tác phát triển chăn nuôi bền vững, phòng chống dịch bệnh gia súc, gia cầm, thủy sản hiệu quả; góp phần thực hiện tái cơ cấu ngành chăn nuôi theo hướng nâng cao giá trị gia tăng; cung cấp thực phẩm chất lượng, an toàn cho người tiêu dùng; bảo vệ sức khỏe nhân dân và môi trường sinh thái.

Đề án đưa ra 6 nhiệm vụ chủ yếu thực hiện trong giai đoạn 2016 - 2020, gồm: Củng cố tổ chức, nâng cao năng lực trình độ của cán bộ trong ngành đáp ứng với nhiệm vụ trong điều kiện hội nhập, trong đó tập trung bồi dưỡng chuyên sâu cho cán bộ kiêm nhiệm nhiệm vụ thú y Thủy sản và các lĩnh vực (giống vật nuôi, an toàn vệ sinh thực phẩm, thanh tra pháp chế, chẩn đoán xét nghiệm, dịch tễ học); nâng cao năng lực cho lực lượng Thú y cơ sở. Tăng cường cơ sở vật chất và hạ tầng công nghệ thông tin, trang thiết bị, cải cách hành chính; tăng cường năng lực chẩn đoán xét nghiệm và điều trị bệnh động vật; tăng cường quản lý nhà nước về giống vật nuôi và an toàn thực phẩm trong chăn nuôi giết mổ, kinh doanh, vận chuyển thịt gia súc, gia cầm.