Để xử lý rơm rạ sau thu hoạch, ở một số địa phương bà con thu gom để làm nấm, dự trữ làm thức ăn cho trâu bò; còn lại đa phần được  xử lý bằng cách đốt. Khi đốt rơm rạ các chất hữu cơ trong rơm rạ sẽ biến thành chất vô cơ dễ bị rửa trôi nên chỉ cung cấp được một lượng dinh dưỡng rất nhỏ cho đồng ruộng, làm cho đất đai ngày càng bị thoái hóa, ảnh hưởng đến năng suất, chất lượng và hiệu quả sản xuất lúa. Bên cạnh đó việc đốt đồng còn gây ô nhiễm môi trường sống, ảnh hưởng đến giao thông, phá vỡ cân bằng hệ sinh thái đồng ruộng, góp phần gia tăng mức độ biến đổi khí hậu.

Một số trường hợp rơm rạ không xử lý được, nông dân vứt bỏ ngoài mương máng gây ô nhiễm môi trường, ách tắc dòng chảy, lượng rơm rạ không được xử lý còn tại ruộng sẽ gây khó khăn cho sản xuất lúa, đặc biệt là trong vụ Hè Thu. Trong trường hợp này, rơm rạ không kịp phân hủy để cung cấp dinh dưỡng cho cây mà trái lại, sự phân hủy hữu cơ không triệt để còn làm cho cây lúa non bị ngộ độc sau khi cấy hoặc sạ. Cây lúa bị ngộ độc hữu cơ do quá trình phân hủy rơm rạ kéo dài sau khi vùi, thường sinh trưởng kém, nếu không có biện pháp khắc phục thì năng suất lúa sẽ bị giảm mạnh.

Để giải quyết những khó khăn đó, vụ Hè Thu 2017 Trung tâm Khuyến nông lần đầu tiên triển khai mô hình “Ứng dụng các biện pháp canh tác tổng hợp để xử lý rơm rạ sau thu hoạch” với quy mô 20ha, được bố trí tại các HTX Vinh Thái, Phú Thanh 2, huyện Phú Vang; HTX Siêu Quần, huyện Phong Điền; HTX Phù Nam, thị xã Hương Thủy; trên các diện tích lúa khó khăn trong việc xử lý rơm rạ, nhiễm chua phèn…

Bên cạnh việc áp dụng các biện pháp canh tác tổng hợp, các mô hình này còn sử dụng Phân bón hữu cơ vi sinh Trichodesma CNX để xử lý rơm rạ.   Kết quả bước đầu của mô hình được đánh giá tại các hội nghị đầu bờ cho thấy:

- Ruộng sử dụng Phân bón hữu cơ vi sinh Trichodesma CNX rơm rạ hoai mục, phân hủy nhanh hơn. Tỉ lệ lúa chết do nghẹt rễ sinh lý lúa mới gieo được hạn chế, do vậy giảm công dặm tỉa. Đặc biệt, chân đất chua phèn mặt nước ruộng trong hơn ít xuất hiện váng đỏ. Diện tích không được xử lý sau 8-10 ngày, thân rơm, rạ hầu như còn nguyên, vẫn còn độ dai, nền ruộng cứng, mặt nước đỏ do phèn, bùn có mùi hôi do khí H₂S, SO₂ …gây ra.

-  Trong quá trình sinh trưởng bộ rễ cây lúa trên ruộng có xử lý chế phẩm phát triển mạnh hơn, bám sâu vào đất giúp tăng khả năng hút nước và chất dinh dưỡng, do vậy cây lúa có điều kiện sinh trưởng phát triển tốt ngay từ đầu và cho năng suất cao hơn ruộng đối chứng 2-3 tạ/ha.

- Về khả năng chống chịu, lúa trong mô hình chống chịu bệnh tốt hơn so với ruộng ngoài mô hình, đặc biệt là bệnh nghẹt rễ sinh lý lúc lúa mới gieo, vàng lá chín sớm lúc lúa gần thu hoạch.

- Về hiệu quả kinh tế, nhờ giảm chi phí thu gom rơm sau mỗi vụ thu hoạch, giảm công dặm tỉa và năng suất tăng nên thu nhập, lợi nhuận thu được cao hơn ruộng đối chứng khoảng 2 triệu đồng/ha. Ngoài ra, việc xử lý rơm rạ  còn mang lại hiệu quả về mặt xã hội như hạn chế việc đốt rơm rạ tràn lan, góp phần giảm thiểu ô nhiễm môi trường, giảm hiệu ứng nhà kính… Việc xử lý rơm rạ trực tiếp ngoài đồng ruộng sẽ tạo ra một nguồn phân hữu cơ thay thế nguồn phân chuồng bị thiếu hụt cung cấp cho cây trồng, góp phần cải tạo và tăng độ phì nhiêu cho đất.