Trong sản xuất lúa, tại Thừa Thiên Huế đã có những đơn vị, gia đình tổ chức sản xuất lúa hữu cơ mang lại những kết quả tốt. Sản xuất lúa hữu cơ cũng được các ban ngành và xã hội quan tâm tạo điều kiện hỗ trợ để người nông dân chuyển đổi dần sang phương thức canh tác mới. Tuy nhiên việc triển khai thực hiện sản xuất lúa hữu cơ đang còn gặp nhiều khó khăn, đó là ruộng đất manh mún, nhỏ lẻ khó tổ chức thành vùng sản xuất tập trung trong dài hạn. Nhiều nông dân chưa muốn chuyển đổi sang sản xuất hữu cơ do sức hấp dẫn về thu nhập chưa được chứng minh; thị trường tiêu thụ không được cam kết; quy trình sản xuất yêu cầu khắt khe… Một khó khăn rất lớn trong sản xuất lúa hữu cơ là quản lý cỏ dại. Để quản lý cỏ dại cần kết hợp giữa các biện pháp như vệ sinh đồng ruộng, điều chỉnh mực nước thích hợp để ngăn chặn sự lây lan và phát triển của  cỏ dại trên đồng ruộng. Việc làm cỏ bằng phương pháp thủ công hoặc bằng phương pháp cải tiến là rất cẩn thiết, do đó cần phải gieo cấy thẳng hàng để thuận lợi cho việc chăm sóc, làm cỏ bằng việc áp dụng biện pháp sạ hàng hoặc cấy. Thừa thiên Huế đã áp dụng máy cấy và làm cỏ bằng máy cải tiến trong sản xuất lúa hữu cơ, nhưng việc áp dụng phương pháp cấy lúa bằng máy đang còn nhiều trở ngại, như kỹ thuật làm mạ khay, nhân lực vận hành máy, các cơ sở sản xuất chưa mạnh dạn đầu tư máy cấy, muốn sản xuất phải thuê từ nơi khác dẫn đến thiếu sự chủ động và làm tăng chi phí sản xuất.

Ngoài ra, việc sử dụng nguồn phân bón hữu cơ cung cấp cho đồng ruộng cũng gặp nhiều khó khăn. Bên cạnh việc chọn cơ sở uy tín, đạt tiêu chuẩn để cung cấp thì việc vận chuyển đến ruộng sản xuất cũng rất phức tạp, đặc biệt đối với những đồng ruộng có hệ thống giao thông chưa được thuận lợi thì chi phi vận chuyển, bốc xếp, bón phân rất lớn.

Nhằm từng bước tháo gỡ những khó khăn, thúc đẩy việc sản xuất lúa hữu cơ sử dụng mạ khay máy cấy trên địa bàn toàn tỉnh, góp phần nâng cao thu nhập, hiệu quả kinh tế cho người dân, chúng tôi xin đưa ra một số giải pháp như sau:

          Thứ nhất, cần tuyên truyền vận động, hỗ trợ kỹ thuật, vật tư, vốn để HTX, người nông dân có điều kiện tiếp cận với hướng sản xuất hữu cơ, giải quyết được những khó khăn ban đầu như năng suất còn thấp, giá sản phẩm chưa cao do chưa có thương hiệu. Ngoài ra, cần hỗ trợ, xúc tiến thương mại, kết nối với các tổ chức, doanh nghiệp để xây dựng chuỗi thu mua lúa gạo từ các mô hình sản xuất lúa hữu cơ, qua đó, khuyến khích nông dân tham gia.

Thứ hai, hiệu quả của phân hữu cơ mang lại rất tốt, cung cấp một lượng mùn lớn để làm kết cấu của đất tơi xốp hơn, bộ rễ cây trồng phát triển mạnh, tăng khả năng chống chịu của cây trồng với điều kiện ngoại cảnh bất lợi. Tuy nhiên, việc vận chuyển và bón phân hữu cơ với lượng lớn tốn nhiều nhân lực, thiếu lượng phân đạt tiêu chuẩn để cung cấp cho sản xuất. Để nhân rộng mô hình này, cần xem xét tự sản xuất nguồn phân hữu cơ ngoài đồng ruộng để tận dụng phụ phế phẩm từ trồng trọt, chăn nuôi, giảm bớt công lao động, tiết kiệm được chi phí sản xuất.

          Thứ ba, về phía chính quyền các địa phương cần có chính sách khuyến khích các tổ chức, cá nhân đầu tư cơ giới hóa trong khâu gieo cấy và sản xuất lúa hữu cơ như: Tiếp cận để có thể chủ động làm mạ khay máy cấy; quy hoạch đồng ruộng thành các vùng sản xuất chuyên canh, tập trung, hệ thống kênh mương thủy lợi đáp ứng diện tích ruộng cấy ...