1. Lãnh đạo chi cục
Chi cục Trưởng
Đồng chí Nguyễn Quang Vinh Bình
Phó Chi cục Trưởng
Đồng chí Phan Thị Thu Hồng
Đồng chí Võ Giang
2. Phòng Hành chính, tổng hợp
3. Phòng Thanh tra, pháp chế
4. Phòng Nuôi trồng thủy sản
5. Phòng Khai thác và Phát triển nguồn lợi thủy sản
6. Phòng Tàu cá, cơ sở dịch vụ hậu cần nghề cá